Curso Presencial
INTRODUCCIÓN A LA MORFOMETRÍA GEOMÉTRICA
RESUMEN
Este curso tiene la finalidad de transmitir conocimiento para el desarrollo de estudios de la forma y el tamaño en muestras biológicas y antropológicas. Se abordan de manera introductoria las bases teóricas y los métodos principales de la Morfometría Geométrica (MG). Los alumnos tendrán acceso a clases de teoría, prácticas con programas de cómputo de libre acceso y la solución de problemas en el manejo de los mismos. Son bienvenidos estudios que aborden temas de cualquier grupo taxonómico (e.g., Aves, Fósiles, Insectos, Peces, Moluscos, Plantas, Reptiles). Los participantes podrán trabajar con sus propias muestras, o bien, se les proporcionara el material necesario para el desarrollo de las actividades prácticas durante el curso.
1. Tener conocimiento básico en estadística multivariada y métodos morfométricos. Específicamente en análisis de componentes principales, análisis de varianza, análisis discriminantes y regresiones.
2. Llenar y enviar el cuestionario. La aceptación será basada en la evaluación de las solicitudes recibidas previa la fecha límite. La lista de aceptados y confirmados se publicará en esta página web (abajo) un par de días posteriores a la fecha límite.
Fecha límite de recepción de solicitudes: 4 de Agosto de 2024.
Cupo limitado a 15 participantes.
Link cuestionario: Descargar, llenar y enviar el formulario al correo indicado en el mismo.
3. Los participantes deberán llevar a cabo la descarga e instalación de los programas previo al curso, siguiendo las indicaciones que se describen en los enlaces de los programas. Estarán disponibles el día posterior a la publicación de la lista de aceptados, en este mismo Blog.
Se tendrán sesiones sobre el uso de los programas de cómputo de las series TPS, IMP8 y las librerías geomorph, nFactors, Morpho, MASS en el lenguaje de programación R. De manera opcional y previo al curso deberán instalar también este programa.
26 al 30 de Agosto de 2024 (Semestre 2024-II).
El programa contempla 8 hrs/día de teoría y práctica.
Lunes a viernes de 9:00 am a 5:00 pm (40 hrs. que incluyen un descanso de 15 minutos para el café por la mañana y una hora para comer).
Alrededor de 2-3 horas al día se dedicarán al manejo de los programas de computo, con el propósito de familiarizarse con su uso y resolver problemas comunes.
Al término del curso los participantes obtendrán capacidades y conocimientos teóricos-metodológicos para el diseño de protocolos morfométricos (Plantillas), el registro de la información de la forma mediante Landmarks y Semi-Landmarks (configuraciones de puntos en el hiperespacio multivariado), el tratamiento, análisis morfométrico y estadístico de la información de la forma y el tamaño (i.e., Estadísticos descriptivos, Superposición, Alineamiento de SemiLM, obtención de distancias entre Marcas, Análisis de Componentes Principales, Análisis de Variables Canónicas, Prueba de diferencias entre dos grupos, Regresión y Disparidad) y la interpretación de resultados.
Estos conocimientos servirán de base para el desarrollo de proyectos en torno al análisis de la variación y variabilidad morfológica y su integración en estudios comparativos de ecología, forma-función, taxonomía, filogenía y evolución.
(Análisis Morfométrico de la variación Morfológica)
Chollet-Villalpando et al. 2024
(Interpretación de la Variación Morfológica Interespecífica)
LUGAR
Las sesiones se llevarán a cabo en la Salón Multimedia del departamento de Plancton del Centro Interdisciplinario de Ciencias Marinas del Instituto Politécnico Nacional (CICIMAR-IPN) con sede en la ciudad de La Paz, B. C. S. México. Consistirán en clases teóricas y prácticas (laboratorios con los programas de cómputo) complementadas por participaciones de los estudiantes del curso y profesores invitados, con el propósito de retroalimentar los conocimientos adquiridos.
El CICIMAR-IPN cuenta con un espacio con bancas y mesas en donde pueden comer su lunch al aire libre. También esta disponible el servicio de comida en la cafetería del centro, la cual ofrece diferentes tipos de alimentos.
Se expedirá una constancia que contendrá la información referente al nombre del participante, nombre y firma de los instructores/ coordinadores, lugar/ duración de impartición del curso.
1. Morfometría Tradicional y Morfometría Geométrica: Métodos para captura y registro de la forma. Protocolo de investigación. Hipótesis para el análisis de datos. Descriptores numéricos de la forma y el tamaño.
2. Conceptos y Principios de Geometría: Geometría de Vectores. Suma. Combinación lineal. Productos y Rotaciones.
3. Análisis morfométricos: Espacios geométricos de la forma. Métodos de Superposición (GPA, OPA: BC, SBR, GLS, RFTRA). Comparación de formas (Espacio de Kendall, forma promedio, distancia Procrustes). Proyecciones. Variables de deformación (Principal Warps, Partial Warps, Relative Warps). Variación
4. Análisis estadísticos: Varianza y deformación. Métodos de Regresión. Métodos de ordenación PCA, CVA, Disparidad. Comparación de dos grupos. Lenguaje de programación en R.
5. Aplicaciones de MG: Evolución y variabilidad morfológica, Taxonomía, Sistemática, Ontogenia, Filogenia, Ecomorfología.
Día 1. - Introducción la Morfometría Tradicional y Geométrica, Métodos para captura y registro de la forma.
Bienvenida y Presentación. (9:00 am)
Receso (15 min) (11:00 am)
2-Hipótesis para el análisis de datos: Probabilidad, modelo normal, escalas, medidas, precisión, exactitud. (11:15 am)
3-Métodos para captura de imágenes digitales: Efectos ajenos a la forma. (11:45 am)
Comida (60 min) (1:00 pm)
4-Descriptores numéricos de la forma y el tamaño: Distancias entre puntos. Coordenadas X, Y. Marcas y semi-marcas. Registro de contornos con semi-marcas y curvas. Plantillas. Matriz de configuraciones. (2:00 pm)
5a. Registro de Puntos y protocolo morfométrico con gradillas. TPS: tpsUtil, tpsDig, IMP: MakeFan. Rutinas para registro de puntos en R usando geomorph. (Lab 1a). (3:00 pm)
Comentarios finales. (5:00 pm)
Día 2. Métodos para registro de la forma, Conceptos y Principios de Geometría y Análisis morfométricos.
5b-Método de registro de contornos con curvas. Agregar puntos de una curva a LM´s, reordenar LM´s, etc. TPS: tpsUtil, tpsDig (Lab 1b Revisión de protocolos). (9:00 am)
Receso (15 min) (11:00 am)
6-Geometría de vectores: Suma, combinación lineal, productos y rotaciones. (11:15 am)
7-Espacios: espacios no euclidianos, matriz de coordenadas, espacios de configuración y de ajuste, hiperplanos. (12:00 am)
Comida (60 min) (1:00 pm)
8-Superposición: Análisis de Procrustes, métodos de superposición (GPA, OPA: BC, SBR, GLS, RFTRA) alineamiento de semi-marcas, distancias entre LM´s. IMP: CoordGen. Rutinas para Superposición y alineamiento de SemiLM´s en R (Lab2). (2:00 pm)
Comentarios finales. (5:00 pm)
Día 3. Análisis Morfométricos y Estadísticos de la forma e interpretación de resultados.
9-Comparación de formas: Espacio de kendall, Forma promedio, distancia Procrustes. (9:00 am)
A- Sesión de presentación de proyectos por parte de los participantes del curso. (9:30 am)
Receso (15 min) (11:00 am)
10-Proyecciones: tipos y espacios de proyección, manifold, hiperplanos de deformación, coordenadas Procrustes parciales. (11:15 am)
11-Warps: placa delgada de deformación, componentes y ejes de deformación, análisis de la matriz de energía de deformación, principal warps, partial warps, relative warps. (12:00 am)
Comida (60 min) (1:00 pm)
12-Variación: Promedio, varianza, varianza generalizada, varianza total. Datos, modelos y su validación. (2:00 pm)
13-Métodos de Regresión. Forma vs Tamaño. IMP Regress. Rutinas para análisis de regresión en R (Lab3). (2:45 pm)
Comentarios finales. (5:00 pm)
Día 4. Análisis estadísticos de la forma e interpretación de resultados.
14-Métodos de ordenación. Análisis de componentes Principales (PCA), PCA del tamaño y forma. Rotaciones rígidas con IMP PCAGen. Rutinas para análisis de PCA en R (Lab 4). (9:00 am)
Receso (15 min) (11:00 am)
15-Métodos de ordenación (Disparidad). Morfoespacio. Disparidad Morfológica (MD), Disparidad Parcial (PD), disparidad Total (TD). IMP PCAGen. Rutinas para análisis de disparidad en R (Lab 5). (11:15 am)
Comida (60 min) (1:00 pm)
16-Métodos de ordenación. Análisis de variables canónicas (CVA). Rotaciones no rígidas. Distancias de mahalanobis. MANOVA. IMP CVAGen. Rutinas para análisis de CVA en R (Lab 6). (2:00 pm)
Comentarios finales. (5:00 pm)
Día 5. Análisis estadísticos y Aplicaciones de MG, introducción a la MG en R.
17- Comparación de dos grupos. Prueba de F de Goodall´s, Hotelling´s T (TwoGroups). IMP8 TwoGroups8 (Lab 7). Rutinas para análisis de dos grupos en R. (9:00 am)
Receso (15 min) (11:00 am)
18. Sesión de aplicaciones de MG en evolución y variabilidad morfológica, filogenia, forma-función. (11:15 am)
Comida (60 min) (1:00 pm)
19. Sesión de aplicaciones de MG en evolución y variabilidad morfológica, filogenia, forma-función. (2:00 pm)
Comentarios finales. (4:30 pm)
Clausura. (5:00 pm)
Profesor Investigador Posdoctoral CONAHCyT / CICIMAR-IPN / Colección ictiológica
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